1、对蛋白质组学感兴趣的准研0，通过网络找到了蛋白质组学原始数据分析的介绍，特别是关于ProteomeXchange的基本使用。ProteomeXchange是一个由EMBI管理的数据库，用于储存蛋白质检测数据。许多公开发布的质谱数据都保存在这里，包括多种动物的蛋白质数据。
2、在进行蛋白质组学研究时，为了增强文章的可信度，通常需要将实验获得的原始数据提交至公共存储平台。其中，ProteomeXchange （ProteomeXchange.org） 是最为普遍的选择，简称为PX。
3、ProteomeXchange（PX）是一个广泛使用的蛋白质组学质谱数据存储平台，包含PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas、jPOST等。接下来，我们将介绍如何将质谱原始数据上传至PX。 通过ProteomeXchange官网下载并安装PX Submission tool。这个工具基于Java开发，确保您的计算机已安装Java。
4、创建新项目可使用两种方法：一种是通过“Project-New Project”创建，另一种是先选择“My Space”下的“Project Tree”，选择项目名后点击右侧的“New Project”创建。
蛋白组学数据库通常包含蛋白质的氨基酸序列信息，如FASTA格式文件，是质谱图分析的理论依据。
蛋白组学数据库是为质谱图分析提供的理论蛋白质氨基酸序列集合。常见的数据库类型有.fasta 格式，如在进行蛋白质组学数据分析时，你可能会接触到的，用于匹配和确认样本中的蛋白质身份。数据库的来源主要包括两个主流资源：Uniprot 和 NCBI。
IUPHAR-DB为G蛋白偶联受体、离子通道数据库，提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。此数据库可用于药物靶点查找，支持按照免疫过程信号通路查询、在不同细胞特异表达查询、根据蛋白是激酶、离子通道分类进行查询等功能。
蛋白质数据库 UniProt （The Universal Protein Resource）网址： uniprot.org/ ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：提供蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等。
NCBI数据库是一个广泛的资源集合，涵盖了蛋白质序列数据库，这些序列是从NCBI的多个来源整合编译而来的。这个数据库不仅提供了大量的蛋白质序列信息，还包含了它们的功能和结构注释，有助于研究人员进行深入的生物信息学分析。蛋白质结构数据库部分，则专注于展示实验获得的三维结构数据。
1、iProX支持两种数据上传方式：通过网页上传和使用Aspera插件上传。推荐使用Aspera插件，因为它可以处理大量和大文件。通过“Upload by Aspera”功能选择文件，并开始上传。系统会自动识别文件类型，并提示选择正确的文件格式。确保文件名称和类型正确，然后点击“Start upload”开始上传过程。
2、上传前准备：iProX账号；蛋白质组学数据，包括原始数据和结果文件；项目相关信息，如项目描述、实验方法、物种、疾病、量化、消化、修饰等。数据上传流程：注册并登录iProX账号。通过网页创建新项目，填写项目相关信息，包括实验协议、信息学协议、物种、疾病、量化、消化、修饰、实验类型等，确保信息完整。
3、首先，您需要通过官网（ebi.ac.uk/pride/markdow...）下载并安装PX Submission tool，该工具基于Java开发环境运行，确保您的电脑已安装Java（安装流程可参考cnblogs.com/maoning/p/..），下载后解压并双击运行jar文件。工具具体上传步骤可参考PRIDE官方说明，点击页面左下角“？”获取。
