代谢组学数据处理软件(代谢组学数据上传)

2024-09-01

mafile是什么意思?

mafile是一种文件格式,类似于Microsoft Excel中的.csv文件格式,可以被多个统计软件读取和导入。mafile文件可以被用于生物医学研究领域,如基因组学研究、代谢组学研究等。它们被用于存储大量关于实验信息的数据,如基因表达数据、蛋白质质量谱数据等。

ma是文本字符保存,mb是二进制保存。ma保存可以被低版本打开,通常情况下都是存为MB格式,MA格式输出节点比MB要多,所以文件会比MB的要大,因此MA能兼容各种版本。

这个程序写的太简单了,错误就是最基本的变量名称使用:输出的是End的内容,但是整个程序都没有给End赋值。因此,全局变量End[]被初始化为全0,因此输出也全部为空。注意上面的53,54和57行,本来应该给End赋值的都写反了。

MSConvertGUI+seeMS导出质谱离子峰进行分析

如图所示,使用seeMS打开mzXML格式数据后,即可看到软件提取的所有离子峰,包括保留时间、分子量和丰度值等。将seeMS软件提取的离子峰导出到EXCEL并进行分析。将每组提取到的m/z、RT及intensity等信息复制到excel中,即可进行差异倍数计算及PCA分析等(具体数据分析见EXCEL数据处理)。

常用LC-MS平台公共代谢数据库类型大合集

METLIN:由Scripps研究院开发,包含96万种化合物的MS/MS数据,是脂质、药物等多种代谢物的标准数据库。MassBank:公开分享代谢物质谱图的数据库,包含北美、欧洲和日本的子数据库,MoNa受到科研人员的青睐。KEGG:综合数据库,包含18个子数据库,核心是PATHWAY和ORTHOLOGY数据库,用于基因和代谢通路研究。

为此,文章介绍了一种通过两步法实现LC/MS数据快速组分识别的方法:首先,利用LC/MS/MS数据在标准品谱图数据库中检索;其次,利用预测的化学式和精确分子量对结构数据库进行筛选。

代谢组学(Metabonomics/Metabolomics)是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科,是研究关于生物体被扰动后(如基因的改变或环境变化后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。

如何用omicsbean分析组学数据

软件具体使用方法:可以在软件主界面上--help-introduction里看到。

组学omics,研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学。 基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。